Giovanni Alberti var født i Borgo San Sepolcro, nutidens Sansepolcro ved Arezzo, den 19. oktober 1558 som medlem af den store kunstnerfamilie Alberti, der virkede fra omkring 1275 til 1675.

Giovanni Alberti var søn af maleren, billedhuggeren og arkitekten Alberto Alberti, en fætter til billedhuggeren Durante Alberti, der kun var 20 år ældre end sin nevø og arbejdede i Rom på samme tid, og yngste broder til malerne Michele, Alessandro, Cherubino og Elisabetta Alberti.

Giovanni Alberti kaldes også Giovanni Alberti den Yngre for at adskille ham fra farfaderen maleren, billedhuggeren og arkitekten Giovanni Alberti den Ældre.

Giovanni den Yngre blev uddannet af sin fader Alberto, der i disse år levede og arbejdede i Norditalien. I 1564 flyttede familien imidlertid til Rom og her fortsatte Giovanni sin læretid hos sin farbroder Gerolamo Alberti den Ældre og han fortsatte også senere med at male sammen med sin onkel og sine brødre Alessandro og Cherubino, ikke blot i Rom men også i Norditaliens byer.

I 1593 deltog Giovanni Alberti sammen med Federico Zuccari og Durante Alberti (hans grandonkel) i genopbygningen af kunstnersammenslutningen Accademia di San Luca.

Omkring 1595 rejste Giovanni til Venedig og Napoli, hvor han arbejdede for vicekongen. I 1599 var han imidlertid tilbage i Rom, hvor han var medarbejder på Riccardo Sassi's fresker i Vatikanet. Giovanni Alberti var særlig efterspurgt for sine perspektiver og allergoriske figurer samt billeder af englebørn.

Af Giovanni Alberti's arbejder i Rom kender vi følgende:

I Accademia di San Luca: selvportæt.

I Kirken San Bernardino ai Monti: det andet kapel i højre side har en altertavle med motivet "Cristo porta la Croce tra la Madonna, la Veronica e San Giovanni Evangelista" ("Jesus bærer Korset fulgt af Jomfru Maria, Veronica med svededugen og Evangelisten Johannes"), som ifølge Angela Catalano bør tilskrives Giovanni Alberti; det er malet først i 1600-tallet.

I Dåbskapellet ved Laterankirken, San Giovanni Battista al Fonte, udførte Giovanni Alberti for Pave Clemens VIII en fresko, der senere ( i 1727) er blevet ødelagt.

I den nu forsvundne Kirke San Lorenzuolo ai Monti: altertavle med "Pietà" og et maleri af helgenerne Lorenzo, Carlo Borromeo e Francesco d'Assisi ("I Santi Lorenzo, Carlo Borromeo e Francesco d'Assisi").

I Kirken Santa Prassede menes Giovanni Alberti sammen med Cavalier d'Arpino at have udført freskerne på vægge og loft i det andet kapel i venstre side, "Cappella Olgiati". Det er udsmykket omkring år 1595, i loftet med en "L'Ascensione" ("Kristi Himmelfart") og heromkring engle, sibyller og kirkefædre (San Gregorio Magno, San Girolamo, Sant'Ambrogio og Sant'Agostino). På væggen modsat alteret med mindre freskomalerier: en "Assunzione", en "Ultima Cena", en "L'Andata a Emmaus" og en "Noli mi tangere". På siden af alteret med "San Bernardo di Chiaravalle" og "Sant'Andrea".

I Kirken San Silvestro al Quirinale: på den store bue, som adskiller presbyteriet fra korrummet bagved, har Giovanni Alberti udført de to våben midt på buen, mens broderen Cherubino øverst har malet de to engle med martyrpalme og våben for paverne Pius V og Clemens VIII, ligesom dekorationen med de to engle med kandelabrer under buen og loftsudsmykningen.

I Palazzo Mattei udførte Giovanni Alberti en loftsfresko, som nu er forsvundet.

Den store sal, "Il Salone" i Palazzo Ruggieri er udsmykket med fresker af Giovanni Alberti.

I Vatikanet malede Giovanni Alberti loftsfreskerne i Cappella di San Silvestro for Pave Sixtus V. Her åbner himmelen sig og en skare englebørn flyver derop holdende Pavens familievåben og tegnene på den pavelige værdighed.

I Sala Clementina i Vatikanet udsmykkede Giovanni Alberti loftet med fresker for Pave Clemens VIII: skyerne åbner sig over en række balkoner, som skyder ud fra sidevæggene. De er forsynet med statuer og 6 allegoriske figurer af de pavelige dyder. Bagved ses søjlegange og loggia'er i et nærmest uendeligt rum. I centrum af skyerne omgiver en skare englebørn San Clemente som tilbeder Treenigheden, mens andre englebørn i siderne holder det pavelige våben. I denne udsmykning menes broderen Cherubino at have taget del.

Giovanni Alberti døde i Rom den 10. august 1601.