Under den nuværende kirke ligger rester af flere forskellige bygninger.

Oppe under apsis og i rummet lige nedenfor til højre er der fundet rester af mure fra det 2.-4.århundrede.

Lige indenfor trappen, som fører fra kirken ovenover ned til udgravningerne, ligger et rum fra en bygning fra det 2.århundrede, det er tolket som et nymfæum med gulv i marmormosaik fra det 3.århundrede. På den store endevæg er der en 3x5 meter stor fresko fra slutningen af det 3.århundrede, den forestiller Proserpina med andre guddomme mellem drenge i både. I hjørnet af rummet er der et hulrum, som har været brugt som begravelsesplads i det 4. og 5.århundrede.

I rummet efter kan man se støttemurene fra kirken ovenover. Rummet tilhører et hus fra det 3.århundrede og man mener, at det var et triclinium. Det har vægfresker med vingede genier og guirlander med fugle og blomster.

Under kirkens apsis er der et rum, der svarer helt hertil men noget mindre, det er delt af mure fra det 4.århundrede, den halvcirkelformede væg stammer fra det 2.århundrede.

Længere nede over mod Piazza dei Santi Giovanni e Paolo og det nuværende kloster er der rester af en smal brolagt gade og en overdækket korridor, som fører ind til et terme-anlæg fra en bygning fra det 2.århundrede. I et af rummene er der et marmorkar og bagved gitteret ses resterne af opvarmningsanlægget. Ovenover kan man se et kar i terrakotta og en møllesten.